Partners die zich aanmelden voor relatietherapie presenteren verscheidene klachten. De meest gehoorde klacht is: ‘We kunnen niet goed met elkaar praten’. Dat kan betekenen dat er nauwelijks gepraat wordt, of nog slechts door een van de partners, terwijl de ander zich steeds meer terugtrekt. Het kan echter ook zijn dat elk gesprek op ruzie uitloopt en nooit tot een oplossing leidt. Soms zien partners hun probleem als iets dat tussen hen beiden speelt en waar ze beiden een aandeel in hebben, maar vaker leggen ze de oorzaak bij de ander. Bijvoorbeeld omdat die te hard werkt en te weinig aandacht heeft voor het gezin, een buitenechtelijke relatie heeft, of minder verlangt naar seksueel contact. Daarnaast is het uiteraard zo dat individuele as-I- en as-II-stoornissen ook hun weerslag hebben op de relatie. Wanneer een van beide partners depressief is of bijvoorbeeld een afhankelijke persoonlijkheidsstoornis heeft, worden daardoor de interacties in de relatie voor een belangrijk deel verklaard. De reactie van de partner op de klachten van de ander zal bovendien invloed hebben op het verloop en het al dan niet in stand houden van de individuele problematiek. Relatieproblemen ten slotte hebben grote invloed op het psychisch welbevinden en de lichamelijke gezondheid van individuen en kunnen ook weer individuele klachten veroorzaken. Partnerrelatietherapie wordt derhalve toegepast bij een groot aantal verschillende problemen en klachten op individueel en interactioneel niveau.