De mens leeft in een wereld vol micro-organismen: virussen, bacteriën, schimmels en parasieten. Ook ons lichaam zelf wordt bevolkt door enorme aantallen micro-organismen. In onze darm leven bijvoorbeeld in totaal tien keer meer bacteriën dan we aan lichaamscellen hebben. Voor wat betreft hun vermogen om ziekte te veroorzaken, kunnen micro-organismen in vier categorieën ingedeeld worden: goede, onschuldige, slechte en extreem schadelijke micro-organismen. Tot de laatste categorie behoren micro-organismen die vrijwel altijd leiden tot ernstige morbiditeit en mortaliteit, zoals de tetanusbacterie en het ebolavirus (strikte pathogenen). Tot de categorie slechte micro-organismen behoren de micro-organismen die meestal geen ziekte veroorzaken, maar in sommige gevallen wel (bijvoorbeeld de tuberkelbacil vaak bij mensen met stoornissen in de afweer). Van goede micro-organismen heeft de mens juist voordeel, bijvoorbeeld omdat ze helpen bij de spijsvertering (zoals Lactobacillus). Onschuldige micro-organismen leveren de mens voordeel noch nadeel op (kanariepokkenvirus).
