Het hiërarchische model beziet het zenuwstelsel vanuit een evolutionair perspectief. Het oudste gedeelte (archi), ruggenmerg en hersenstam, is van belang voor de wakkerheid (arousal) en reflexen. Het middelste gedeelte (paleo), basale kernen en limbisch systeem, betreft ons emotioneel en automatisch functioneren. Het hoogste niveau (neo), de cortex, houdt zich bezig met de meer cognitieve functies (taal, begrijpen, sociale interacties). De lijn ‘arousal – emotie – cognitie’ is soms een handige kapstok, bijvoorbeeld bij een patiënt die ‘niet-coöperatief' genoemd wordt: is hij wel wakker genoeg? (archi), wil hij wel, vindt hij het leuk? (paleo), snapt hij wat de bedoeling is? (neo). Bij een laesie op neoniveau (CVA in cortex) zijn bewust gestuurde functies uitgevallen, terwijl de automatische, emotionele en reflexmatige functies intact (of zelfs versterkt) zijn: de patiënt kan niet (op verzoek) zijn tanden laten zien, maar kan wel (spontaan) lachen. Bij een laesie in het paleoniveau is dit omgekeerd: de Parkinson-patiënt merkt dat hij bij al zijn bewegingen moet nadenken. Het hiërarchische model verheldert ook de herstelpatronen na hersenbeschadiging en de wijze waarop motorische vaardigheden neuraal worden aangestuurd (tonus/reflexen – houding en automatische patronen – bewuste weloverwogen sturing).