Op 3 oktober 2013 bracht de commissie Rijksvaccinatieprogramma van de Gezondheidsraad een advies uit aan de minister van Volksgezondheid, Welzijn en Sport met als titel Het individuele, collectieve en publieke belang van vaccinatie. De reden voor het opstellen van het advies was de constatering dat vaccins die niet in het Rijksvaccinatieprogramma zijn opgenomen (bijv. vaccins tegen waterpokken, gordelroos en gastro-enteritis door infectie met rotavirus) in Nederland bijna niet gebruikt worden. Omdat deze vaccins te onbekend zijn bij artsen en patiënten en toepassing ervan niet wordt vergoed, blijft er gezondheidswinst liggen. Om te voorkomen dat er vaccins tussen wal en schip vallen, pleit de Gezondheidsraad voor het creëren en toepassen van één beoordelingskader, voor zowel het Rijksvaccinatieprogramma als het verzekerde pakket.
Daarnaast raadt de Gezondheidsraad bijscholing aan van artsen en verpleegkundigen in de jeugdgezondheidszorg, van basisartsen, huisartsen, kinderartsen en internisten. Deze bijdrage gaat in op de onderbouwing en de organisatie van de vaccinatiezorg in Nederland en de behoefte om professionals in de individuele gezondheidszorg daar meer bij te betrekken. Ook wordt ingegaan op het belang van opleiding en nascholing en van publieksvoorlichting en wordt aandacht besteed aan de situatie in andere landen.