Een belangrijk onderdeel van de CQ-index is het vergelijken van zorginstellingen. Onderzoek heeft aangetoond dat patiëntkenmerken zoals geslacht, leeftijd, opleiding en ervaren gezondheid de ervaren zorg systematisch beïnvloeden. Om toch een zuivere vergelijking tussen de zorginstellingen mogelijk te maken wordt ‘case-mix adjustment’ toegepast. Dit betekent dat bij het vergelijken van de ervaren zorg geleverd door zorginstellingen gecorrigeerd wordt voor verschillen in patiëntkenmerken tussen zorginstellingen. In de ‘case-mix adjustment’ wordt ook een instellingseffect geschat, wat een indicatie is van de verschillen in ervaren zorg die zijn toe te schrijven aan verschillen tussen zorginstellingen. Echter, het is onbekend welke instellingskenmerken dit effect verklaren. In dit onderzoek is met behulp van een multi-level analyse op basis van gegevens van 21.796 patiënten uit 76 ziekenhuizen aangetoond dat instellingskenmerken (in dit geval ziekenhuiskenmerken) invloed hebben op het rapportcijfer voor de ervaren zorg. Het ziekenhuistype, de stedelijkheid van de ziekenhuisomgeving en de aanwezigheid van andere ziekenhuizen in de omgeving van een ziekenhuis hebben een significant effect. Ziekenhuisgrootte heeft geen effect. Hoewel het effect van ziekenhuiskenmerken op het rapportcijfer vrij klein is vergeleken bij de patiëntenkenmerken, moeten onderzoekers bij nieuwe CQ-indices overwegen instellingskenmerken in de analyses op te nemen, bijv. in de verdiepingsanalyses.