Elke B- en T-lymfocyt heeft zijn eigen specifieke antigeenreceptor. Met deze antigeenreceptoren, het immuunglobuline en de T-celreceptor, zijn lymfocyten in staat vrijwel elk antigeen te herkennen. Deze enorme diversiteit ontstaat door herschikking van een relatief beperkt aantal clusters van genen tijdens de vorming van de lymfocyten. Die clusters bestaan uit V (variabel)-, D (diversiteit)- en J (joining)-genen en de antigeenreceptoren worden door V(D)J-recombinatie gevormd. Lymfocyten vinden hun oorsprong in het beenmerg, waar ze vanuit pluripotente hematopoëtische stamcellen continu worden gevormd. Herschikkingen van immuunglobulinegenen vindt plaats tijdens de vorming van B-lymfocyten in het beenmerg. Voorloper-T-lymfocyten migreren naar de thymus waar tijdens de vorming van T-lymfocyten de T-celreceptorgenen worden herschikt. Tijdens dit proces worden alleen die T-lymfocyten geselecteerd om te overleven die eigen MHC-moleculen kunnen herkennen (positieve selectie). Voor zowel de T-lymfocyten als de B-lymfocyten geldt dat cellen die met ‘zelf’-antigenen kunnen binden (autoantigenen) niet mogen uitrijpen tot rijpe lymfocyten (negatieve selectie): centrale tolerantie. Ook in de periferie wordt voorkomen dat desondanks toch uitgerijpte autoreactieve lymfocyten geactiveerd worden door autoantigenen: perifere tolerantie.
