De slijmvliezen vormen het grootste lichaamsoppervlak en worden beschermd door het mucosale immuunsysteem. In de longen wordt de mucosale afweer verzorgd door alveolaire macrofagen. De tonsillen vormen een beschermende ring van lymfoïd weefsel in de neus-keelholte. In de mondholte heeft speeksel een belangrijke beschermende werking. Bij de bescherming van het maag-darmkanaal werken verschillende mechanismen samen. Het immuunsysteem van het urogenitale stelsel verschilt van andere delen van het slijmvliesgeassocieerde immuunsysteem. Bij zwangerschap beschermen immunologische interacties de foetus. Dit hoofdstuk geeft een overzicht van de afweer zoals deze zich aan en in de slijmvliezen afspeelt. Veel van de moleculen, cellen en structuren zijn in voorgaande hoofdstukken besproken, in dit hoofdstuk komt alleen aan bod wat bijzonder of kenmerkend is voor de verschillende onderdelen van het mucosale immuunsysteem (mucosal associated lymphoid tissue, MALT). Achtereenvolgens worden de mucosale afweer in longen (bronchus associated lymphoid tissue, BALT) en maag-darmkanaal (gut associated lymphoid tissue, GALT) behandeld.
