EMDR is een geprotocolleerde therapie, dat wil zeggen: de behandeling bestaat uit een aantal vaste, zeer duidelijk omschreven stappen. In grote lijnen gaat de procedure als volgt. De therapeut vraagt de cliënt om zich te concentreren op het meest nare moment in de herinnering. Het gaat niet om wat er precies gebeurd is, maar om de herinnering zoals deze ligt opgeslagen in het geheugen. Alle aspecten van de herinnering worden zo veel mogelijk geactiveerd: beelden, geluiden, gedachten, gevoelens en lichamelijke sensaties. Op dat moment wordt de cliënt afgeleid met oogbewegingen of met geluidjes, afwisselend links en rechts, die via een koptelefoon worden aangeboden. Telkens na ongeveer 20 (oogbewegingen) tot 60 (geluidjes) seconden vertelt de cliënt wat er in hem omgaat. Alles wat de cliënt voelt en wat er in hem opkomt, is goed. In principe draagt alles bij aan het natuurlijk verwerkingsproces. In het gunstigste geval is de therapeut in deze fase niets anders dan een procesbegeleider, de verwerking verloopt vanzelf. In moeilijkere gevallen zal de therapeut enig kunst- en vliegwerk, zoals cognitive interweaves (zie verderop in dit hoofdstuk) moeten toepassen om het proces in goede banen te leiden.
