In de fysiotherapeutische zorgverlening zijn twee diagnosen vooral van belang: de eventuele diagnose van de arts en de diagnose van de fysiotherapeut. De diagnose van de arts geeft de fysiotherapeut informatie over het te verwachten natuurlijk beloop van een ziekte of aandoening in de zin van kans op herstel, mate van progressie, het al dan niet chronische karakter ervan en te verwachten exacerbaties en remissies. De fysiotherapeutische diagnose is een beroepsspecifiek oordeel van de fysiotherapeut. Het is een kernachtige weergave van de analyse uit de verwijzing/screening, de anamnese en het onderzoek in samenhang, zodat een duidelijk beeld naar voren komt van de patiënt met zijn hulpvraag en van de interpretatie van de fysiotherapeut over het gezondheidsprobleem. Deze diagnose geeft richting aan het beantwoorden van de vraag of er een indicatie is voor verder fysiotherapeutisch (be)handelen. Bij het bepalen of er wel of geen indicatie is, spelen verscheidene overwegingen een rol. In het algemeen geldt dat de fysiotherapeut zich moet afvragen hoe het gezondheidsprobleem van de patiënt zich zal ontwikkelen met en zonder behandeling door de fysiotherapeut.