Men spreekt van wetenschappelijk verantwoorde of beproefde (‘evidence-based’) behandeling wanneer onderzoek heeft aangetoond dat de therapie ‘werkt’. Hierbij worden drie begrippen onderscheiden: efficacy (het effect van therapie bij degenen die de behandeling daadwerkelijk kregen en beëindigden); effectiveness (effect bij de hele onderzoeksgroep); efficiency (effectiviteit in het Kader van een kosten/batenanalyse). Steeds vaker wordt de psychotherapeutische praktijk aan de hand van behandelprotocollen (standaard, richtlijn, aanbeveling) gestroomlijnd. In de praktijk echter wordt de keuze van een behandeling veeleer bepaald door de opleiding en voorkeur van de hulpverlener en de min of meer toevallige beschikbaarheid van therapeuten binnen een regio of instelling. Veel therapeuten combineren elementen uit verschillende therapieën (eclecticisme, integratie en synthese). Een ongemotiveerd, eenzijdig accent op psychotherapie dan wel farmacotherapie kan het geloof in, of de therapietrouw aan, de andere benadering ondermijnen. Een belangrijke rol is hier weggelegd voor het motiveren (cognitief overtuigen en emotioneel stimuleren) van de cliënt door de therapeut.
