In voorgaande hoofdstukken is besproken dat micro-organismen ondanks alle voorzorgsmaatregelen toch af en toe de barrières van huid en slijmvliezen doorbreken en wel ergens het lichaam binnendringen. In die gevallen komt het aangeboren immuunsysteem direct in actie om de infectie te bestrijden. Dit is echter lang niet overal voldoende. Daarom is altijd een respons van het verworven immuunsysteem nodig om uiteindelijk ook echt alle micro-organismen doeltreffend onschadelijk te maken. Het verworven immuunsysteem is uiterst specifiek: hieraan ontleent het dan ook zijn grote kracht. De cellen die verantwoordelijk zijn voor deze verworven immuunresponsen zijn de lymfocyten. Deze zijn daartoe uitgerust met antigeenreceptoren die specifiek (onderdelen van) micro-organismen en andere antigenen kunnen herkennen. Iedere lymfocyt bezit op zijn celoppervlak zijn eigen karakteristieke antigeenreceptor met unieke specificiteit. Om op deze manier specifiek te kunnen reageren op het bijna ontelbare aantal verschillende antigenen, moet het verworven immuunsysteem de beschikking hebben over zeer veel verschillende specifieke lymfocyten. Na interactie van receptor en micro-organisme (antigeen), zullen lymfocyten hierop reageren met de productie van effectormoleculen en effectorcellen, die samen daarna het agens onschadelijk maken. Iedere lymfocyt kan via zijn antigeenreceptor maar één klein onderdeel van een antigeen (epitoop genoemd) herkennen. Met andere woorden: de interactie is monospecifiek. Toch ligt een en ander wat genuanceerder. De vergelijking van antigeen en receptor met een slot waarop maar één sleutel past, gaat dan ook niet helemaal op, omdat dit suggereert dat het een alles-of-nietsinteractie betreft. De specificiteit van de interactie wordt in feite bepaald door de bindingssterkte (de affiniteit) tussen het receptoreiwitmolecuul en het antigeen (vaak ook een eiwitmolecuul). Bindingssterkte is te beschouwen als een glijdende schaal. Iedere receptor heeft altijd wel enige affiniteit met een willekeurig eiwit maar de mate van affiniteit tussen receptor en diverse antigenen kan enorm verschillen.
