In de huisartspraktijk wordt acute diarree in eerste instantie benaderd vanuit de werkhypothese gastro-enteritis. Gezien het zelflimiterend beloop van de aandoening is de huisarts hierbij in beginsel terughoudend met diagnostiek. Wel is er extra aandacht nodig voor acute diarree die optreedt bij patiënten uit een risicogroep of die gepaard gaat met alarmsymptomen. Een feceskweek is zinvol bij een gastro-enteritis bij patiënten met een ernstiger en langer durend beloop. Bij een beperkte groep patiënten met acute diarree is therapie geïndiceerd. De behandeling is in het bijzonder gericht op het voorkomen van uitdroging. Antibiotica worden bij acute gastro-enteritis slechts gericht en op indicatie voorgeschreven.
Naarmate acute diarree langer aanhoudt of met alarmsymptomen gepaard gaat, wordt de mogelijkheid groter dat het ziektebeeld het gevolg is van een niet-infectieuze oorzaak.